熒光顯微鏡采用一般熒光染色和免疫熒光法。熒光染色法可以顯示細胞內的各種成份，特別是對細胞內的兩種核酸（DNA和RNA）及酸性粘多糖有較強的特異性，所以熒光染色法可以作為一種良好的細胞化學方法。免疫熒光方法是把免疫學技術和熒光染色結合起來的一種方法，它具有免疫的特異性和熒光方法的敏感性。應用于醫學、病理學的研究，以及自身免疫病診斷等。得到廣泛的應用。