落、透射顯微鏡廣泛應用于生物學、細菌學、組織學、藥物化學等研究工作(在中可進行臨床試驗)、在學校實驗室可供教學之用，同時也用于金相標本和反射明場與偏光的觀察，鑒別和分析材料組織結構，還可作半導體工業中的硅片檢驗。